由于需要训练飞行员操作像 MiG-25 这样不寻常的飞机，因此开发并测试了新型 MiG 的训练版本。该原型是在拦截器的基础上开发的。客户——防空航空也表达了对双胞胎的兴趣。这架飞机正式由苏联部长理事会下属的军工委员会于 1965 年 7 月 7 日决定制造。

直到 1 号晶石的飞机机头部分都经过重新设计，以放置教练舱。

MiG-25PU 的系列生产于 1970 年在高尔基开始，一直持续到 1985 年。总共生产了大约 180 台这些机器。